Kääpiöhamsteri on luonnostaan siisti eläin. Se käyttää tiettyä valitsemaansa nurkkaa wc-nurkkana ja tekee tarpeensa sinne. Jos haluat ja olet kiinnostunut,voit opettaa hamsterin käyttämään vessaa. Laita vessalaatikkoon (esim.pahvista tehtyyn) pissaista purua ja muutama papana. Hamsteri haistaa tällöin missä on käynyt tarpeillaan ja voi tehdä asiansa hyvillä mielin tarpeensa siihen.
Koko asumus siivotaan 1-2 viikon välein eli silloin vaihdetaan kaikki purut, pestään tyhjä asumus kuumalla vedellä ja mäntysuovalla, myös mökin ja muuta hamsterin tarvikkeet voi pestä. Joka päivä on hyvä muistaa tyhjentää/poistaa jäljelle jäänyt tuore ruoka,ettei se pilaannu ja aiheuta hamsterille sairauksia. Kääpiöhamsterin ruokakippo pitää pestä pari kertaa viikossa, jottei kuivaruoka pilaannu. Myös tuoreruoka kippo olisi hyvä pestä pari kertaa viikossa.