Kääpiöhamsterinaaras on jo reilun kuukauden ikäisenä lisääntymiskykyinen eli naaraspoikaset on erotettava luovutusikäisenä (4-5 viikkoa) uroksista. Naarailla sukukypsyys päättyy 6-10 kuukauden ikäisenä ja uroksilla sukukypsyys heikkenee 18 kuukauden vanhana. Uros laitetaan asumaan naaraan kanssa. Naaras kantaa noin 21-26 vuorokautta. Ennen synnytystä uros on otettava pois,naarashamsterille tulee nimittäin heti synnytyksen jälkeen ns. poikaskiima ja uros astuu sen uudelleen. Naaraallle ei suositella teetätettäväksi kuin 2 poikuetta sen eliniän aikana. Poikueen koko on yleensä 2-9 ja ne syntyvät karvattomina. Emo imettää poikasi 3 viikkoa ja luovutusikäisiä poikaset ovat siis 4-5 viikon ikäisenä jolloin ne voidaan erottaa naaraat emonsa luokse ja pojat isänsä luokse asuviksi.