Kääpiöhamsterin ruoan tulee olla mahdollisimman monipuolista. Olisi hyvä tarjota hamsterille perusruoaksi laadukasta siemenseosta päivittäin. Kerran viikossa voi antaa kääpiöhamsterille raakaa tai keitettyä vähärasvaista lihaa tai kalaa. Jotkut saattavat myös tyktätä jauhomadoista,joita saa eläinkaupoista.